Le tableau de bord académique est conçu pour l'exploration approfondie des jeux de données métagénomiques. Il permet d'analyser la structure des communautés microbiennes et d'identifier les facteurs environnementaux qui pilotent leur assemblage.
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Avant de comparer les échantillons entre eux, il faut définir ce que l'on mesure à l'échelle d'un seul échantillon. La diversité alpha évalue la richesse — le nombre de variants ou d'OTU/ASV — et l'équité, c'est-à-dire la distribution de leurs abondances, au sein d'un environnement local.
Avant de projeter les communautés entières, il est souvent nécessaire de comprendre comment les métadonnées interagissent entre elles et avec les indices globaux du microbiome. L'interface propose deux niveaux d'analyse.
La diversité bêta mesure la distance — la dissimilarité de composition — entre différents échantillons. Là où la diversité alpha décrit un échantillon isolément, la diversité bêta décrit ce qui sépare deux échantillons.
L'interface propose une visualisation de la composition des trois taxons à l'étude par UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection), une technique de réduction de dimensionnalité non linéaire. Elle projette la complexité des profils d'abondance relative de chaque échantillon sur deux dimensions (UMAP 1 et UMAP 2), en préservant mieux la structure topologique locale et globale des données qu'une PCoA classique.
L'outil permet de superposer des métadonnées continues sur la projection UMAP pour évaluer visuellement l'effet d'un gradient — pH, pourcentage de sable, pourcentage de carbone — sur la composition microbienne.
L'application génère simultanément trois fenêtres de visualisation indépendantes, afin de comparer la réponse écologique des différents règnes à un même gradient.