Guide du tableau de bord public

1Accéder au tableau de bord

Le tableau de bord public est hébergé sur Superset, une plateforme de visualisation de données. L'accès se fait avec un compte dont les identifiants vous sont transmis lors de votre inscription.

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Ouvrez le tableau de bord
Le bouton « Ouvrir le tableau de bord » en haut de cette page pointe directement sur le tableau « EESSAQ_Microbiome 71 Séries ». Si vous n'êtes pas encore connecté, Superset affiche d'abord la page de connexion.
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Connectez-vous avec le compte invité
Saisissez le nom d'utilisateur « guest » et le mot de passe qui vous a été communiqué, puis cliquez sur SIGN IN. Superset vous redirige ensuite vers le tableau. Si vous n'avez pas ces identifiants, écrivez-nous et nous vous les transmettrons.

Page de connexion Superset avec les champs nom d'utilisateur et mot de passe remplis pour le compte guest. — La page de connexion Superset.

Accueil Superset affichant la liste des tableaux de bord disponibles, dont EESSAQ_Microbiome 71 Séries. — L'accueil Superset et la liste des tableaux de bord disponibles.

2Naviguer dans l'interface

Le tableau de bord est divisé en trois grandes zones conçues pour faciliter votre exploration.

Tableau de bord EESSAQ_Microbiome : panneau de filtres à gauche, onglets de visualisation en haut, graphiques au centre. — 1Le panneau de filtres, à gauche
2Les onglets de visualisation, en haut
3La zone principale interactive, au centre

1. Le panneau de filtres: Il liste les critères qui raffinent votre recherche : région pédologique, sous-région pédologique, matériau parental, groupe EESSAQ, série de sols, type de site et système culturaux. Sélectionnez vos critères puis cliquez sur APPLY FILTERS pour mettre à jour l'ensemble des graphiques.
2. Les onglets de visualisation: Trois onglets regroupent les données par thématique : Cultivé, Pédologie et Agronomie. Chacun rassemble un jeu de graphiques cohérent, et les filtres actifs s'appliquent à tous.
3. La zone principale interactive: C'est l'espace où s'affichent les résultats de vos sélections : diagrammes circulaires (répartition par système culturaux ou par matériau parental), boîtes à moustaches pour comparer les indices, et graphiques avancés détaillant la taxonomie ou les fonctionnalités microbiennes.

3Interagir et exporter vos données

Le portail n'est pas une image statique : chaque graphique est dynamique et exportable.

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Isoler une donnée depuis la légende
Cliquez directement sur une entrée de la légende d'un graphique pour n'afficher que la condition correspondante. Un second clic la réintègre.
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Ouvrir le menu d'options
Survolez un graphique, puis cliquez sur les trois points verticaux en haut à droite de sa carte.
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Choisir un format d'export
Dans le sous-menu Download : « Export to .CSV » pour les données au format texte, « Export to Excel » pour un tableur, et « Download as image » pour insérer le graphique dans un rapport.

Menu d'options d'un graphique Superset ouvert sur le sous-menu Download, avec les choix Export to .CSV, Export to Excel et Download as image. — 1Les trois points ouvrent le menu d'options du graphique
2Le sous-menu Download regroupe les trois formats d'export

4Comprendre les indicateurs de santé du sol

Pour bien utiliser cet outil, il est essentiel de comprendre ce que représentent les organismes étudiés et les indices mesurés.

Les acteurs biologiques

Procaryotes: Micro-organismes sans noyau, principalement des bactéries et des archées. Ils sont essentiels à la fertilité, car ils jouent un rôle clé dans les cycles biogéochimiques du sol.
Champignons: Organismes eucaryotes filamenteux aux fonctions multiples : ils décomposent la matière organique et établissent des symbioses avec les plantes pour les aider à se nourrir, mais certains peuvent aussi être pathogènes.
Microeucaryotes: Micro-organismes eucaryotes non fongiques, comme les protistes. Ils agissent comme régulateurs des communautés microbiennes et des cycles nutritifs.

Les indices de diversité

Indice de Shannon: Il combine le nombre d'espèces différentes présentes dans le sol (la richesse) et la façon dont elles sont réparties (l'équité). Plus la valeur est élevée, plus la communauté est diversifiée et équilibrée — généralement le signe d'un sol résilient.
Ratio champignons/bactéries: Il compare l'abondance des champignons à celle des bactéries. Un ratio élevé révèle un sol dominé par les champignons, souvent un sol moins perturbé ; un ratio faible indique un sol dominé par les bactéries, souvent le résultat d'une régie plus intensive.

Les graphiques en radar permettent d'évaluer les modules du métabolisme de l'azote, cruciaux pour la nutrition des cultures. Chaque axe correspond à une fonction, et chaque couleur à un groupe comparé.

Graphique en radar des fonctions procaryotes associées à l'azote, comparant les matériaux parentaux Glaciaires, Loameux, Sableux et Argileux sur les axes NFIX, CNF, RAN, RDN, DNF et NF. — Chaque axe du radar correspond à une fonction du cycle de l'azote ; chaque couleur, à un matériau parental.

Les fonctions liées au cycle de l'azote

NFIX / NF: Capacité à fixer l'azote de l'air ambiant (atmosphérique) pour le transformer en ammonium, une forme utilisable par les plantes.
DNF — Dénitrification: Transformation des nitrates et nitrites en gaz (N₂ ou N₂O) qui retourne dans l'atmosphère.
RDN — Ammonification: Réduction des nitrates et nitrites en ammonium.
RAN — Assimilation: Assimilation ou réduction de l'ammonium par les organismes.
CNF: Présence de cofacteurs ou d'enzymes associés à la fixation ou au cycle de l'azote.

Les rôles spécifiques des champignons (guildes fongiques)

SAP — Saprotrophes: Les recycleurs : ils décomposent la matière organique. On distingue des spécialistes, comme SAP_LIT pour la litière végétale et SAP_BOIS pour le bois.
SYM — Symbiotiques: Ils créent des partenariats mutuellement bénéfiques avec les plantes, comme les champignons mycorhiziens.
AMF — Mycorhiziens arbusculaires: Une catégorie vitale en agriculture : ils forment une symbiose directement à l'intérieur des racines pour aider la plante à puiser l'eau et le phosphore.
END — Endophytes: Des champignons qui vivent à l'intérieur des tissus des plantes sans causer de maladies.

5Cas d'usage pratiques

Deux parcours concrets pour passer de l'exploration à une lecture agronomique.

Évaluer l'impact de la régie agricole

Mesurer ce que les pratiques culturales ont changé dans la vie biologique d'un sol, en le comparant à une référence non cultivée.

1Dans le panneau de filtres, ouvrez « Type Site » et sélectionnez à la fois Cultivé et Témoin (sol naturel ou bande riveraine).
2Cliquez sur APPLY FILTERS.
3Ouvrez l'onglet Cultivé et repérez les boîtes à moustaches de l'indice de Shannon.
4Comparez ensuite le ratio champignons/bactéries entre les deux types de site.

Comment lire le résultat : Un Shannon nettement plus bas et un ratio champignons/bactéries plus faible en Cultivé qu'en Témoin suggèrent une simplification de la communauté microbienne sous l'effet de la régie.

Analyser le potentiel nutritif d'un champ

Vérifier si le microbiome de votre sol a conservé sa capacité naturelle à fournir de l'azote aux cultures.

1Filtrez sur votre région pédologique, puis sur votre série de sols.
2Ouvrez l'onglet Agronomie et repérez les graphiques en radar des fonctions de l'azote.
3Observez la longueur de l'axe NFIX par rapport aux autres groupes affichés.

Comment lire le résultat : Un axe NFIX très en retrait par rapport à la moyenne de votre région pédologique indique que le sol a peut-être perdu une part de sa capacité à fixer l'azote libre — ce qui peut expliquer une plus grande dépendance aux engrais de synthèse.

Boîtes à moustaches de l'indice de Shannon des champignons comparant les sols de type Cultivé et Témoin. — Premier cas d'usage : l'indice de Shannon des champignons, comparé entre sols cultivés et sols témoins.